明教是《倚天屠龙记》中最重要的武林势力，张无忌、杨逍、范遥、“明教四王、紫白金青”等重量级人物让它的大名妇幼皆知。金庸上面这段对明教传入中国历史的简述大体不差，但小说中许多地方对明教的描写还是和真实的历史出入颇大。
明教，源于公元3世纪中叶波斯人摩尼(Mani)所创立的摩尼教。摩尼出生于公元216年4月14日，他的家乡位于美索不达米亚地区，也就是古代的巴比伦，今天的伊拉克，当时属于波斯帕提亚王朝，不过摩尼十岁的时候这个王朝被萨珊王朝所取代。摩尼说自己年轻的时候曾经得到神的启示，要他在人间传播新的教义。他最初吸收了自己的父亲和家人入教，然后从海路到印度河流域传教。大约在242年萨珊王朝的沙普尔一世登基之后，摩尼回到波斯地区，将国王的弟弟卑路斯收入门下，由此获得了觐见最高统治者的机会。公元243年4月9日，在沙普尔的支持下，摩尼公开向波斯帝国的臣民们宣讲他的教义，一个新宗教从此诞生。
摩尼教义的核心是“二宗三际论”，二宗就是光明与黑暗，也即善与恶;三际是初际、中际和后际，意味过去、现在和未来。摩尼认为，在开天辟地之前，存在着光明王国和黑暗王国，光明王国充满善美，而黑暗王国则尽是丑恶，两者断然分开，互不干扰。后来黑暗侵入光明，引起明与暗之间的大战，这就是中际时期。在中际，光明和黑暗相混合，天地和人类是这种混合的产物。摩尼教的创立正是为了超度人类的灵魂，使之早日摆脱黑暗的纠缠，重新回归光明王国。摩尼认为，世界的末日终将到来，那时地球将毁灭，光明和黑暗又将截然分开，恢复到初际的情景，这就是后际。
摩尼教的原始教义吸收了基督教的诺斯替派和同样发源于波斯的琐罗亚斯德教的宗教成分。值得一提的是后者，琐罗亚斯德教俗称拜火教，中国人称为祆教。由于祆教和摩尼教都传自波斯，所以古代中国好多人把两教经常混淆。金庸在小说里也把两教混为一谈——明教有传自波斯的“圣火令”，张无忌的白袍身前绣着一团火焰，明教徒说“焚我残躯，熊熊圣火”——实际上圣火崇拜是祆教的礼俗，明教是“朝拜日，夕拜月”。
在沙普尔一世的时代，摩尼红极一时。他出入宫廷，陪同国王与罗马作战，向四处派遣传教团。然而好景不长，瓦赫兰一世即位后，改变了对摩尼教的优容态度。摩尼被国王囚禁，277年2月26日，瓦赫兰下令将摩尼钉死在十字架上。刽子手还将摩尼剥皮，填以稻草，挂在城门上。
瓦赫兰对摩尼痛下杀手主要和教义有关，摩尼对现实世界是持完全否定态度的，在他看来，世界是黑暗入侵光明的产物，人类的肉身囚禁光明分子，都应该越早毁灭越好。摩尼临死前，法官曾问他：“你主张禁止婚姻，以促使世界的毁灭吗?”摩尼答：“是的，我们应当断子绝孙，使世界光明。”瓦赫兰以此治罪：“摩尼提倡世界的毁灭，我们应该趁他还没得逞时，将他毁灭。”
和他之前各种宗教的创立者不同，摩尼明确提出要把自己的宗教建成一个世界宗教。他曾说过：“以往的宗教局限于一个国家和一种语言;而我的宗教不同，它将流行于每个国家，它将采用所有的语言，它将传及天涯海角。”早在摩尼在波斯风生水起的时候，他就派出门徒四处传教，西到罗马帝国的东方行省巴勒斯坦和亚历山大;东到河中地区，也就是今天的乌兹别克斯坦。在其西传过程中，更多地吸收基督教的因素;而在东渐过程中，则又不断吸收佛教的元素。摩尼一死，许多教徒逃往国外，这加速了摩尼教向外扩张的进程。中亚地区摩尼教的势力越来越大，到了六世纪，总部设在撒马尔罕的中亚教团竟然敢于和巴比伦的总教会决裂。中国的摩尼教来自于中亚，并不像《倚天屠龙记》中所说的隶属于波斯总教。
“大明”来自于白莲教
金庸在小说中称，帮朱元璋“打下江山的都是明教中人，是以国号不得不称一个‘明’字。明朝自洪武元年戊申至崇祯十七年甲申，二百七十七年的天下，均从明教而来”。这一说法始自于吴晗先生1941年发表在《清华学报》上《明教与大明帝国》一文，直到今天还有一定的影响力。八十年代以来，有学者指出，吴晗当时地处昆明，手中资料有限，其结论并不能令人信服。
吴晗观察到，中国自古以来，国号要么是初起之地名，要么是所封土之爵邑，要么追溯其所自始。而“大明”和这三种情况都无关，其文意“光明”也不知道从何而来。《明实录》上也就简简单单一句“定有天下之号曰大明。”为什么是“大明”，语焉不详。吴晗认为，朱元璋曾奉韩林儿的宋政权正朔，韩林儿有“小明王”之称，他和父亲韩山童都宣称“弥勒下生、明王出世”，这个“明王”出自明教，而且明教和信奉弥勒的白莲教有所融合。
中国社会科学院历史研究所元史专家杨讷在其著作《元代白莲教研究》中对吴晗的说法进行了驳斥，他发现元代统治者将明教和景教置于一处管理，而白莲教置于管理佛教的宣政院，这证明在元统治者心目中两者判而有别。就算到了明朝，明教和白莲教被禁，但两者也还是单列，并没有混淆。吴晗认为明教和三阶教、白云宗、白莲社、禅宗、道教、大乘教、弥勒教以及其他秘密会社都混合了，而证据只有这些教派“不食荤酒，不杀物命，修忏念佛”，实际上这些特点是明教、白云宗、白莲教所固有，不能证明他们的混合。吴晗还指出明教持戒律甚严，这是实情，但反而和他自己的“混合说”矛盾，不能想象，明教在和那么多教派混合后自己仍无改变。
杨讷指出，“明王”一词并不为明教所独有，佛教中就有不动明王、大威德明王的称呼。《元史》明确记载韩山童为白莲教中人，元代的白莲教徒在信仰弥勒佛的同时，也信仰阿弥陀佛，在《大阿弥陀经》中，阿弥陀佛被称为“诸佛光明之王”。“明王出世”就是阿弥陀佛出世。
朱元璋做过和尚，经营江南时对佛教也有所关注，他不会不知道韩林儿“小明王”的出典，也不会对《大阿弥陀经》这一稀松平常的佛典没有了解，而没有任何证据能证明他和韩林儿读过明教经典。作为历史上唯一一个由僧人而掌天下的人，如果真有“诸佛光明之王”，这个“明王”舍朱元璋其谁?《大阿弥陀经》中还说，“明王”的光明将使“天下幽冥之处皆常大明”，“大明”实际上包含着朱元璋的建国理想。
不过，经过元末天下大乱的朱元璋深知民间秘密宗教的威胁，他登上帝座后，在洪武三年禁“白莲社、明尊教、白云宗”等“左道”，后来更是把这一禁令写入了《大明律》。从此，明教作为一个独立宗教不存在了。但还有其信徒在活动，民间也有人照样供奉摩尼佛的偶像，但他们在行为方式上与道教和其他民间宗教已没有多大的差别——扶乩、求签、占卜、驱鬼之类。来自波斯的摩尼终于融入了中国民间信仰的万神殿。